31 jan 2019

Momento Safesui: homologia/identidade dos diferentes genótipos circulantes

Análises de homologia/identidade são utilizadas para comparação de proteínas baseadas em sua sequência de aminoácidos, isto é, o quanto um determinado antígeno proteico se assemelha a outro antígeno ou ao patógeno (proteína do patógeno). Assim, quanto maior o grau de homologia/identidade entre o antígeno vacinal e os genótipos do patógeno circulante maior é a probabilidade de proteção cruzada da vacina.

O método de análise por homologia foi empregado para comparação do antígeno da vacina Safesui Circovírus com amostras brasileiras dos diferentes genótipos de circulantes de PCV2. Para análise foi realizada a busca das sequências de isolados brasileiros do banco de dados NCBI [1] do período de 2003 a 2014. Além dessa busca, foram realizadas amostragens a campo de isolados brasileiros dos períodos de 2015 a 2017 e do ano de 2018. As análises de homologia/identidade foram feitas utilizando ferramentas de Bioinformática [2, 3, 4, 5 e 6].

Os resultados apresentados na tabela 1 mostram que a ORF2 da Safesui Circovírus (antígeno) tem maior identidade sequencial com as ORF2 de PCV2b e PCV2d do que PCV2a em relação a esses genótipos. Maior identidade sequencial infere em menor risco de falha vacinal quando o animal é vacinado com a Safesui Circovírus e a granja tem circulação dos genótipos PCV2b e PCV2d (genótipos prevalentes atualmente). Verificando a evolução dos genótipos em relação a homologia é visto que PCV2a tem uma tendência em se distanciar do genótipo PCV2d a medida que os anos vão evoluindo (Tabela 1). Como nas granjas a ocorrência do genótipo PCV2d é cada vez mais prevalente, animais de granjas vacinadas com vacinas baseadas em genótipo PCV2a podem ter riscos de falhas vacinais.

Assim, os resultados revelam que para o cenário atual a vacina Safesui Circovírus é a mais indicada, isto é, o antígeno da vacina Safesui Circovírus é um isolado brasileiro e possui maior grau de conservação aos genótipos prevalentes atualmente (PCV2b e PCV2d).

Referências bibliográficas

[1] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/.

[2] http://www.clustal.org/clustal2/.

[3] Clamp, M.; Cuff, J.; Searle, S.; M.; Barton, G. J. The Jalview Java alignment editor. Bioinformatics 20. p. 426-427. 2004.

[4] Kumar, S.; Stecher, G.; Tamura, K. Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets. Molecular Biology and Evolution. p. 1870–1874. 2016.

[5] DeLano, W.; L. PyMOL. DeLano Scientific, 2002.

[6] https://www.iedb.org/.

 

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Lívia Faim

Especialista em Biologia Molecular na Ourofino Saúde Animal

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